金秋9月，烈冰重磅推出了14999元/樣本單細胞測序服務新方案！包括PanoCell微孔芯片+BD磁珠+BD全套試劑+BD全套Protocol的一站式精準服務?？梢垣@得完整的樣本基因表達信息，幫助用戶更好的對細胞進行注釋。

作為烈冰自主研發(fā)的首款單細胞測序的產(chǎn)品，Panocell微孔芯片不僅僅是降低了實驗成本，在實戰(zhàn)結(jié)果上更是擁有與BD原裝微孔板相媲美的表現(xiàn)！空口無憑，接下來小編為大家奉上新鮮出爐的實戰(zhàn)數(shù)據(jù)測評。當然，在這之前請跟隨小編簡單回顧下PanoCell實驗測評內(nèi)容吧~

1 PanoCell 與 BD原裝實驗測評

實驗性能（Experimental performance）

PanoCell芯片的細胞捕獲表現(xiàn)十分出彩，多次實驗的驗證下，PanoCell與BD原裝芯片的捕獲細胞情況是高度一致的。

下圖為：PanoCell vs BD原裝實驗效果對比

適配性能（Adaptation performance）

與BD Rhapsody?單細胞平臺高度適配，實現(xiàn)與BD全套試劑和protocol的無縫對接，搭配烈冰一站式精準服務，為您的科研提供最大助力！
下圖為PanoCell：細胞+磁珠落孔、回收實拍結(jié)果

2 PanoCell 與 BD原裝實戰(zhàn)數(shù)據(jù)測評

實驗過程眼見為實，數(shù)據(jù)結(jié)果更不是紙上談兵。接下來，小編為您呈現(xiàn)新鮮滾燙的實驗數(shù)據(jù)測評結(jié)果?。?/span>

注：以下數(shù)據(jù)結(jié)果均來源于同一樣本（肺組織）解離后的細胞懸液，相同實驗條件（時間，儀器，試劑，初始上機細胞數(shù)等，即除捕獲芯片外其他條件均一致）和實驗人員操作下獲得實測數(shù)據(jù)。

Part 1 捕獲細胞數(shù)量實測

眾所周知，單細胞測序需在分析過程中根據(jù)Cell Barcode確認有效的細胞數(shù)量。我們對同一細胞懸液，隨機分選相同細胞數(shù)量后進行上機捕獲，以默認按UMI500條件篩選細胞（低于UMI500的很可能是懸液中游離RNA或細胞碎片）結(jié)果顯示，兩種微孔板得到的曲線情況非常接近。

實際數(shù)據(jù)來看：

①捕獲細胞數(shù)量：兩個樣本分別捕獲2944個細胞（PanoCell）和3145個細胞（BD）；

②Mean Reads per Cell：均在45K reads以上，符合單細胞數(shù)據(jù)分析標準，其中PanoCell ：48.5k reads per cell，BD：45.18k reads per cell；

③數(shù)據(jù)利用率（Fraction Reads in Cells）：達到了理想值80%以上；

④數(shù)據(jù)利用率與測序飽和度（Sequencing Saturation）方面，PanoCell微孔板稍優(yōu)于BD微孔板。相同條件下細胞捕獲數(shù)量和測序深度近乎一致，PanoCell微孔板在數(shù)據(jù)質(zhì)控環(huán)節(jié)表現(xiàn)出色。

Part 2 捕獲基因情況實測

為測評實際捕獲細胞基因表達情況，我們分析了Gene 和UMI Counts等數(shù)據(jù)指標，結(jié)果顯示：PanoCell和BD微孔板不僅在細胞捕獲數(shù)量上沒有明顯差異，在捕獲總Gene數(shù)量（24635 vs 24961），平均中位數(shù)基因（2835.5 vs 2689），中位數(shù)UMI Counts（6341.5 vs 6049）上也近乎一致。具體數(shù)值見下表：

Part3 數(shù)據(jù)mapping結(jié)果實測

數(shù)據(jù)mapping到基因組環(huán)節(jié)，PanoCell和BD樣本mapping到基因組上的reads數(shù)分別為25179.86和23358.47，PanoCell樣本的mapping結(jié)果稍優(yōu)于BD原裝微孔芯片。其中mapping 到基因間區(qū)、內(nèi)含子區(qū)和外顯子區(qū)的具體情況見下表：

Part 4 標準化（Normalization）結(jié)果實測

在初始數(shù)據(jù)質(zhì)控后和表達量統(tǒng)計后，分析過程還會對死細胞、雙細胞、低質(zhì)量細胞和批次效應多種可能存在的偏差因素進行數(shù)據(jù)標準化校正，力求獲得準確無偏差的預處理后的單細胞基因表達數(shù)據(jù)。例如：線粒體占比（percent mito，MT值）常作為判斷捕獲細胞質(zhì)量的參考標準之一（細胞（瀕臨）死亡時，細胞膜通透性改變，胞質(zhì)RNA外流，胞內(nèi)核酸總量減少，但線粒體內(nèi)的核酸受膜保護不會外流，使占比會隨之升高，因此MT值越高，越可能是質(zhì)量差或已死亡的細胞）。

在本次實驗數(shù)據(jù)標準化階段，從基因數(shù)（nFeature），UMI數(shù)（nCount）和MT值等統(tǒng)計情況看，兩種實驗芯片的標準化數(shù)據(jù)結(jié)果非常接近，PanoCell芯片在實驗細胞捕獲和前端數(shù)據(jù)統(tǒng)計方面具備媲美原裝芯片的強大實力。

Summary 測評 總結(jié)

以上便是此次小編為大家?guī)淼臄?shù)據(jù)分析前端實戰(zhàn)測評結(jié)果。總的來說，PanoCell微孔芯片在捕獲細胞數(shù)，基因數(shù)，UMI Counts數(shù)，mapping率和數(shù)據(jù)標化等關鍵指標上，與BD原裝芯片樣本實驗結(jié)果基本一致，具備優(yōu)良的實驗服務水準，能精確捕獲單個細胞，反映出細胞的轉(zhuǎn)錄狀態(tài)，且具備強有力的價格優(yōu)勢！烈冰出品，必屬精品，一站式精準服務，要做就做最懂你的單細胞平臺！

烈冰生物成立于2010年，專注于單細胞測序領域科研服務和設備耗材研發(fā)。自2016年起連續(xù)被評為高新技術企業(yè)，已獲得4項專利和36項軟件著作權，實驗平臺方面，烈冰搭建10X/BD單細胞測序雙平臺、流式分選平臺、Novaseq6000 測序平臺和NovelBrain®生信數(shù)據(jù)分析平臺。

烈冰支持每位科研和醫(yī)務工作者，致力于研發(fā)創(chuàng)新技術產(chǎn)品、結(jié)合現(xiàn)有一流高通量測序技術平臺，為用戶提供一流服務和解決方案，目前已發(fā)表Nature Cell Biology，Immunity等國際前沿期刊單細胞測序文章14篇，助力多種腫瘤、腦神經(jīng)、白血病，Covid-19等等多組織疾病類型的高分文獻發(fā)表！

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