NovelBio生物信息研發(fā)團(tuán)隊(duì)與中科院合作，展開(kāi)了基于高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）技術(shù)結(jié)合生物信息分析，首次揭示了選擇性剪接蛋白SRSF10在細(xì)胞內(nèi)調(diào)節(jié)的靶底物以及其調(diào)控mRNA選擇性剪接的機(jī)制。NovelBio差異可變剪接ASD的軟件文章發(fā)表于2014年的《Nucleic Acids Reseach》雜志上?，F(xiàn)在差異可變剪切軟件ASD升級(jí)到1.2版本，新版本修復(fù)bug并優(yōu)化轉(zhuǎn)錄本重建過(guò)程，可以支持NCBI上Gff3文件下載。

（Alternative Splicing Detector:ASD 網(wǎng)址：http://erp.novelbio.com/ASD/）

圖1 ASD的軟件文章發(fā)表于2014年的《Nucleic Acids Reseach》

圖2  ASD軟件V1.2版

隨著二代測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，測(cè)序已成為研究基因組和轉(zhuǎn)錄組的重要手段之一。高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技（RNA-seq）可用于檢測(cè)基因表達(dá)差異、融合基因、未知或稀有轉(zhuǎn)錄本、以及mRNA選擇性剪接等研究領(lǐng)域。

SRSF10是經(jīng)典的SR蛋白家族成員之一，已有研究表明，SRSF10在體外是一個(gè)序列特異性的剪接激活蛋白，但是其在體內(nèi)的剪接調(diào)控靶點(diǎn)及作用機(jī)制，目前仍不清楚。上海烈冰生物信息研發(fā)團(tuán)隊(duì)等利用RNA-seq技術(shù)，并結(jié)合自主研發(fā)的選擇性剪接java軟件（軟件名稱：Alternative Splicing Detector:ASD 網(wǎng)址：http://erp.novelbio.com/ASD/），在雞細(xì)胞系DT40中，尋找受SRSF10調(diào)節(jié)的體內(nèi)剪接底物。

研究發(fā)現(xiàn)，SRSF10同時(shí)具有增強(qiáng)外顯子接入和抑制外顯子接入的雙重功能：Motif分析發(fā)現(xiàn)，外顯子的接入與否與SRSF10的結(jié)合位點(diǎn)在調(diào)控外顯子上的分布有關(guān)。進(jìn)一步研究表明：SRSF10所調(diào)控的剪接事件多為應(yīng)激或凋亡相關(guān)的基因。SRSF10敲除DT40細(xì)胞對(duì)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激誘導(dǎo)的凋亡更為敏感，提示其可能通過(guò)調(diào)節(jié)應(yīng)激相關(guān)基因的選擇性剪接，控制著內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)急下的細(xì)胞存活能力。

該研究加深了人們對(duì)于SRSF10在體內(nèi)調(diào)節(jié)的剪接網(wǎng)絡(luò)和機(jī)制的理解，為深入研究SRSF10在細(xì)胞存活能力中的作用和機(jī)制提供了新線索。差異可變剪接軟件-ASD利用Spring MVC+ Spring Framwork + ibatis的整合開(kāi)發(fā)框架，重新優(yōu)化構(gòu)建剪接算法，利用超幾何數(shù)學(xué)模型提高8類可變剪接類型的驗(yàn)證率（文章中的驗(yàn)證率達(dá)到70%以上）。ASD軟件的發(fā)表意味著NovelBio從專業(yè)的生物信息轉(zhuǎn)向定制化的軟件算法開(kāi)發(fā)，利用NovelBio專業(yè)的生物信息經(jīng)驗(yàn)建立高通量領(lǐng)域的品牌力量。

圖3  ASD軟件圖示

圖4  ASD軟件圖示

圖5  ASD軟件圖示